숲에 버려진 어린 남매 헨젤과 그레텔. 추위와 배고픔에 떨다가 무시무시한 마녀와 마주친다. 두 사람은 가까스로 마녀를 화로에 밀어넣어 죽이고 탈출한다. 그로부터 15년 후 전설적인 마녀사냥꾼이 되어 있는 헨젤(제레미 레너), 그레텔(젬마 아터튼). 그들은 마녀의 특징을 잘 알기 때문에 억울하게 마녀로 몰려 처형될 뻔한 미나(필라 비탈라)를 구해주기도 한다. 어린아이들이 무려 11명이나 마녀들에게 납치된 사건이 발생하자 사람들은 헨젤과 그레텔에게 의뢰를 하고 남매는 범인을 잡기 위해 어두운 숲으로 뛰어든다. 그런데 강력한 마녀 뮤리엘(팜케 얀센)이 단순히 아이들을 잡아먹기 위해 납치한 것이 아니라 더 엄청난 계략이 있는 걸 알아차리고, 마녀들과의 화끈한 대접전을 시작하는데...