명탐정 코난: 베이커가의 망령

에도가와 코난 일행은 가상 체험 게임인 코쿤의 시연회에 초대 받는다. 코난 일행보다 늦게, 코쿤의 개발에 관여한 쿠도 유사쿠가 아가사 히로시 박사와 함께 시연회 장소에 도착한다.



시연회 도중, 코쿤의 개발자 중 한 명인 카시무라 아키라가 누군가에게 살해당하는 사건이 발생한다. 카시무라의 시체가 있는 곳에 온 쿠도 유사쿠와 아가사 박사는 모리 코고로와 함께 사건 현장에 왔을 코난이 보이지 않는 것에 의아해하다가 카시무라가 남긴 다잉 메시지를 발견한다.



한편, 코난은 카시무라의 다잉 메시지를 토대로 사건에 대한 단서를 찾기 위해 가상 게임의 시연에 참가한다. 그러나 뜻밖에도 가상 게임의 시연에 막 들어갔을 때, '노아의 방주'라는 인공지능 소프트웨어가 나타나 시스템을 점령해 버렸고 '노아의 방주'는 게임에 참석한 어린이들의 목숨을 건 게임을 시작한다. 승리 조건은 전원 탈락 되지 않고 맵 1개를 클리어하는 것. 실패 조건은 맵을 클리어 하지 못한 채 전원이 탈락하게 되는 것. 만약 50명 모두가 탈락하면 전원이 현실 세계로 돌아오지 못하게 되며, 전부 코쿤 안에서 강력한 전자파에 의해 사망하게 된다. 게임 안에서 참가자들에게 주어진 생명은 단 하나, 이 때문에 참가자들은 매우 신중한 게임 플레이가 요구된다. 이에 코난은 사건에 대한 단서를 찾을 겸 게임에 참가한 아이들의 생명을 구하기 위해 1888년의 영국 런던을 배경으로 하는 셜록 홈즈의 세계에서 베이커 거리 특공대가 되어 실제 역사 속 살인마 잭 더 리퍼를 뒤쫓는다.